Otros deportes

En sus inicios, Boca era solo un club de fútbol, pero en 1923 se tomó la decisión de sumar nuevas disciplinas. Los primeros deportes fueron boxeo, balón, bochas y básquet. Actualmente, el club compite en las Liga Nacional de Básquet y en la Liga Argentina de Vóley, competencia en la cual obtuvo el tercer puesto en 2007.

Además se practican deportes amateurs como:

• Fútbol playa

• Gimnasia aeróbica

• Gimnasia artística

• Gimnasia rítmica

• Pesas

• Judo

• Taekwondo

• Karate

• Lucha

• Atletismo

• Ajedrez

• Handball

• Rugby

• Maratón

También, entre 2005 y 2007, Boca Juniors prestó su nombre y apoyo para patrocinar a un equipo de automovilismo, en la categoría Top Race, en su nueva divisional TRV6. Los coches fueron pintados con los colores y las insignias de la institución auriazul, aunque oficialmente el club nunca había creado una comisión de automovilismo. Los pilotos que tuvieron el honor de defender los colores de la institución de la Ribera, fueron Guillermo Ortelli (que compitió desde 2005 hasta 2006 con un Chevrolet Vectra), Ernesto Bessone (que compitió solo en 2005 con un Ford Mondeo) y Sebastián Porto (que se presentó en 2007, primero con el Vectra de Ortelli y luego con un Mercedes-Benz Clase C). Junto a Boca, también estuvieron presentes sus clásicos rivales del fútbol argentino, como ser River Plate, Racing Club, San Lorenzo de Almagro e Independiente de Avellaneda. En 2005, Ortelli con el auto de Boca Juniors, se consagró como el primer campeón oficial del TRV6, mientras que en 2008, a pesar de haberse retirado el apoyo al equipo y por disposición reglamentaria, Sebastián Porto eligió como número identificatorio el «12», número que caracteriza a la hinchada de Boca Juniors. También ha sido el único club, equipo e institución de Fútbol de todo el Mundo que ha aparecido en el Rally Dakar.

Baloncesto

Artículo principal: Club Atlético Boca Juniors (Básquetbol)

Gracias a la dedicación que el club le dedicó a la Liga Nacional, el básquet se transformó en el segundo deporte con más importancia para el club. Además, es actualmente el 3.º club más ganador de Liga Nacional, y el club argentino que más veces ganó el Campeonato Sudamericano de Clubes (3), junto con Ferro Carril Oeste.

En 1996, se inauguró, en el barrio de La Boca, el Estadio Luis Conde, mejor conocido como «La Bombonerita», donde el conjunto azul y oro tendría garantizada su localía.Un año después, Boca obtuvo por primera vez la Liga Nacional. El plantel de esa temporada 1996/97 contaba con jugadores de absoluta relevancia como los casos de Byron Wilson (EE. UU.), Jerome Mincy (Puerto Rico), Sebastián Festa y Ariel Bernardini. El entrenador era Julio Lamas, y en la serie final el conjunto xeneize superó por 4-1 a Independiente, de General Pico, La Pampa.

Tras siete años de sequía, en la temporada 2003/04 llegó el segundo lauro en la Liga Nacional, esta vez con Sergio Santos Hernández como entrenador, tras vencer por 4-2 en la serie final a Gimnasia y Esgrima La Plata. Paolo Quinteros, Byron Wilson, Martín Leiva, Sebastián Tato Rodríguez y Juan Sartorelli eran algunas de las figuras del plantel de Boca Juniors.

El tercer título de Liga Nacional se hizo posible en la temporada 2006/07. Boca, conducido por Gabriel Picatto -desde la segunda fase-, sorprendió y superó a Ben Hur de Rafaela (3-2) en cuartos de final, Libertad de Sunchales (3-2) en semifinales y Peñarol de Mar del Plata (4-2) en la serie decisiva. Los abanderados en este lauro xeneize fueron el ala-pívot Leonardo Gutiérrez, el alero Gustavo Oroná, los bases Raymundo Legaria y Luis Cequeira y el interno cubano (ex-NBA) Lázaro Borrell.

Además, Boca fue campeón en las cinco primeras ediciones de la Copa Argentina, torneo instaurado en 2002 y organizado, al igual que la Liga, por la Asociación de Clubes. Para enriquecer su palmarés nacional, Boca ganó, también al mando de Sergio Hernández, el Torneo Top 4 de 2004 al derrotar a Ben Hur.

En el marco internacional, Boca fue ganador tres veces (2004, 2005 y 2006) del Campeonato Sudamericano de Clubes Campeones. Este torneo se juega desde 1946 entre los campeones de las distintas ligas de básquetbol de América del Sur.

A mediados de 2009, Boca Juniors atraviesa por una serie de dificultades económicas que obligan a la institución a reducir drásticamente el presupuesto destinado anualmente al desarrollo de la actividad basquetbolística en el club. Como resultado de estos inconvenientes, el club estuvo muy cerca de perder su plaza en la liga nacional. Sin embargo, la comisión directiva consigue firmar un acuerdo con la aerolínea Aerochaco que le permite obtener el dinero necesario para mantener la plaza, y para financiar la actividad del equipo profesional.75​ Además de ello, firmó un acuerdo con el presidente del Club Atlético Sarmiento de Resistencia (Chaco), Jorge Capitanich, por el cual el equipo pasaría a trasladar su localía al estadio de básquet de la institución chaqueña, además de cambiar el nombre del equipo de Boca Juniors por Aerochaco Boca.

En la temporada 2009/10 de la Liga Nacional consigue un importante cuarto puesto, tras caer eliminado en semifinales ante Peñarol de Mar del Plata, superando las expectativas previas al inicio del torneo. El inicio de la temporada siguiente estuvo signado por una fuerte polémica, ya que según algunas fuentes, la comisión directiva se había planteado vender la plaza que el equipo ostenta en la liga nacional, debido a los altos costos económicos que conlleva mantener un equipo profesional de primer nivel en una disciplina que históricamente no había gozado de una importancia relevante, como sí sucedió con el fútbol.

Boca tuvo un mal comienzo de temporada, cayendo rápidamente en los últimos puestos de la competencia. El equipo no encontró respuestas y deambuló en la zona baja de la tabla, para finalmente acabar en el puesto 17, con 13 partidos ganados y 17 perdidos. Esto obligó al club a jugar una eliminatoria al mejor de 5 partidos para evitar el descenso a la segunda categoría de la liga contra el club Argentino de Junín, último clasificado de la fase regular. Finalmente Boca ganó la serie por 3-0 y, de esta manera, mantendrá su lugar en la liga de vanguardia del básquetbol argentino.